旗なんてあまり変更ないと思ってたら頻繁に変更かかってるみたいなので
アップデートの後で旗がずれた？と思ったら
profile\content\gameplay\common\flags\flags.dds
を消してみてください

今後アーカイブ変更があると旗の種類ずれたりしそうなので
早めに対応ツールの情報探しておきます

http://forum.worldofwarships.eu/index.php?/topic/49179-mods-in-wows-055/page__p__970044#entry970044